Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 62 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kota Yogyakarta maka Struktur Organisasi Kelurahan Gowongan terdiri dari Lurah, Sekretaris, dan 3 (tiga) Kepala Seksi.